次世代シークエンス解析およびハプロタイプ関連解析ソフト講習会

次世代シークエンス解析およびハプロタイプ関連解析ソフト講習会 – NGS AnalyzerおよびParaHaploソフトウェア –

概要

次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発プログラム(略称ISLiM)により
「京」スーパーコンピュータ向けに研究開発された大規模遺伝子解析ソフトウェアのうち、
次世代シーケンサーからの大量データの解析者を対象に、次のソフトウェアについての講習会を開催いたします。ぜひご利用ください。

  • 主催: 理化学研究所 情報基盤センター、理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム
  • 協賛: バイオスーパーコンピューティング研究会, バイオグリッドセンター関西, NGS現場の会

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また今後、HPCI戦略プログラム戦略分野1「予測する生命科学:医療および創薬基盤」(SCLS)が無料提供しているSCLS計算機システムによる実習会を計画しています。
最後のセッションではその紹介をおこないます。

  1. ParaHaplo: ハプロタイプ関連解析に於ける統計検定を行うためのソフトウェア 概要
  2. NGS analyzer: 次世代シークエンス解析プログラム 概要

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開催内容

  • 日時: 2013年5月29日(水) (10:00-16:30)
  • 会場: 理化学研究所 東京連絡事務所 会議室 (東京都千代田区内幸町2-2-2 富国生命ビル23階 2311号室 (地図)
  • 申し込み締切り: 2013年5月24日(金)
  • 参加費: 無料
  • 参加申し込み:Web申し込みページからお申込みください。
    理化学研究所からの申込者はTV会議による参加も可能です。申し込みフォームに希望の有無をご記入ください。

講習会プログラム

  • 開始: 10:00
  • 10:00-12:30 1. ParaHaplo講習 講師 三澤 計治 (ParaHaplo開発者、理研 情報基盤センター研究員)
  • 13:30-16:00 2. NGS Analyzer講習 講師 須永 泰弘 (理研 情報基盤センター研究員)
  • 16:00-16:30 3. SCLS計算機システムによる実習会のご紹介 講師 杉原 崇憲 (理研 情報基盤センター研究員)
  • 終了: 16:30

その他

実習会について

NGS AnalyzerとParaHaploは共にオープンソース(MITライセンス)として公開されています。

これらのプログラムを「京」コンピュータや一般のLinuxクラスターでご利用したい方のために、HPCI戦略プログラム戦略分野1「予測する生命科学:医療および創薬基盤」(SCLS)のSCLS計算機システムを使用した実習会を別の機会に提供します。
実習会参加をご検討の方は上記3のセッションにもご参加ください。

SCLS計算機システムは「京」と互換性を有する計算機で、生命科学を研究される企業および大学等研究機関の方々には、登録の上、無料で提供しております。
実習をご希望の方も含め、ぜひ公募情報をご覧ください。

首都圏外の方へ(除く理化学研究所)

首都圏以外の方で、5名以上の参加希望がある大学、研究機関については別途オンサイトの講習会も可能ですので、メールにてご相談ください。

問い合わせ先

ISLiM研究開発ソフト・アウトリーチ担当 islim-scls-contact@riken.jp